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王一
年3月，Cell在线发表了来自美国研究团队题为APan-plantProteinComplexMapRevealsDeepConservationandNovelAssemblies的Resource文章，报道了迄今为止植物中最大规模的蛋白质组及蛋白互作研究。该项研究对13种不同植物进行了蛋白质组分析，鉴定并定量分析了超过2百万个蛋白，构建了大规模的蛋白互作网络，为蛋白质功能的研究奠定了重要基础。
目前，已测序的植物基因组数量不断增加，但对蛋白质和蛋白质组学的研究却相对滞后。在双子叶模式植物拟南芥中，约有个蛋白质编码基因，但其中仅有5%的拟南芥蛋白质功能了解地比较清楚，而对大多数蛋白质的功能依然不了解；其它植物中已知功能的蛋白质数量更少。此外，与人类蛋白研究相比，植物中蛋白之间的互作以及多蛋白形成的功能复合体尚未被系统研究。进一步的挖掘植物中的蛋白质以及蛋白质互作等信息显得尤为重要，这些基础研究的结果将对提高作物产量以及抗逆性等方面的研究具有重要意义。
该研究首先获得了13种植物蛋白质组学数据，这些物种具在进化上具有一定的代表性，跨越了11亿年的进化历史。这13种广义的植物包括，拟南芥、西兰花、大豆、大麻、番茄、藜麦、玉米、水稻、小麦、椰子、蕨类、卷柏和绿藻。这些植物涵盖重要的模式植物、具有农业价值的作物，进化早期的植物，以及单细胞藻类。因此，该研究获得的蛋白质组数据极具代表性和多样性，包括多种物种和多种细胞类型。
通过共分馏质谱，该研究获得了植物中一些已知的蛋白互作，并预测了一些可能出现的互作，还确定了在11亿年进化过程中保存下来的未知的蛋白互作。利用已获得的蛋白质数据，该研究还发现一些新的蛋白复合体参与春化作用、病原体防御等这些对农业至关重要的过程。此外，还在植物中发现了一些动物蛋白复合体的类似复合体，包括一个百万道尔顿级的tRNA多合成酶复合物。
综上所述，该研究对来自多个组织和不同物种的多万个蛋白质丰度进行了测定，鉴定了在10亿年的植物进化过程中保守、丰富的蛋白质复合体。该研究绘制的蛋白互作图谱对植物生物学的基础研究和应用研究都具有重要意义。
此外，该研究还创建了相关的数据库：