一、一个共识：随着测序技术的发展，各种组学数据都呈现爆发式的增长，尤其是在植物方面，如华大的1kp转录组项目。当然，有钱的课题组很多都搞起全基因组测序的研究，土豆、番茄、苏铁、榕树、江南卷柏.........张嘴一来，不用思索，更别说有些课题组手里握着还没公开的..........................
二、什么是基因组共线性分析：在搞清这个问题之前，更重要的是理解共线性两个英文单词“Synteny”和“Collinearity”的含义。如是最初的源文。TangH,BowersJE,WangX,etal.SyntenyandCollinearityinPlantGenomes[J].Science,,():-
Syntenyisthecollectionofcontiguousgeneslocatedonthechromosomeofdiferentspecies（xuetal.）
显而易见咯，Synteny表示的共线性区域，其基因顺序可以不同
Collinearityisaparticularkindofsyntenyinwhichthegenesareconservedinthesameorder（xuetal.）
那么，Collinearity就是说我这个共线性更保守些、顺序还一致
区分完毕，（偷偷告诉你，其实大概知道就行，会做共线性分析才是王道）
在比较基因组学研究中，全基因组加倍、片段加倍、插入、缺失、倒位、转座......等基因结构变异的类型或多或少都可以通过基因组内或者基因组间的共线性分析获取一些可用的信息。所以......基因组共线性分析是基因组类文章的分析基础。不信的话，你就不信咯！
说了这么多背景，差不多开始要进入正题了
做基因组共线性分析的软件有哪些？我只能说很多，下面列举了一些，但不仅仅只有这些。主流的有四种共线性图类型：DotPlot、DualPlot、BarPlot、CirclePlot。有的软件能分析其一或其二，有的能分析但可视化又麻烦，有的又能分析又能可视化，各有优劣。But，无论卖菜卖瓜，总有一家独大的嘛。是它，是它，就是它！我们的英雄MCScanX，MCScan的升级版，带了个X的总是会??一点。由国内比较基因组学分析大拿——唐海宝老师参与开发，年发表在NucleicAcidsRes，被引+
了解MCScanX最直接的方式，不是看别人的贴子和论坛（包括我），直接找原文和软件的
